Actividades formativas de Doctorado de la Universidad de Cádiz

8202P04_010

Herramientas de análisis proteómico II. DIANN, tratamiento de datos y clasificacion funcional

Organiza: Comisión Académica del Programa de Doctorado en Biomoléculas

Inscripción en: https://posgrado.uca.es/doctor
(abierta desde 22-04-2024 hasta 12-05-2024)

Coordinación:

Dra. Dª. MARIA CARMEN DURAN RUIZ

Plazas ofertadas por grupo: 20
Duración: 15 horas (presenciales)
Modalidad: Presencial Idioma: Español

Lugar de impartición: Facultad de Medicina
Campus de Cádiz
Precio de matrícula de este curso: 8.21 euros

Fecha de impartición programada

13-05-2024 a 17-05-2024

Destinatarios
Doctorandos de los Programas de Doctorado en Biomoléculas, Ciencias de la Actividad Física y el Deporte y Ciencias de la Salud

Descripción general

El curso pretende ampliar conocimientos de los alumnos/as de doctorado en técnicas de análisis proteómico.

Se persigue afianzar conocimientos relacionados con la identificación y análisis cuantitativo de proteínas por espectrometría de masas, y los alumnos/as realizarán actividades prácticas con herramientas de análisis presentadas en la edición anterior del curso, completando así su formación.

Contenidos

Conceptos de espectrometría de masas. Data indepentent vs. data dependent analysis (DDA, DIA). Movilidad iónica.
DIANN. Herramienta para el análisis de datos derivados de muestras analizadas por método DIA.
METABOANALYST. Herramienta para análisis cuantitativo y estadístico de resultados derivados del DIANN.
String, EnrichR, Reactome. Análisis y clasificación funcional de las proteínas derivadas del análisis cuantitativo.

Competencias básicas y capacidades
Conocimiento de la técnica y sus posibles aplicaciones. Capacidad de interpretación de resultados derivados de las técnicas de análisis. Gestión de datos para su empleo en la difusión de resultados científicos. Destreza en el uso de herramientas informáticas necesarias para el tratamiento de datos derivados de las técnicas de análisis.

Metodología

El curso consta de 5 sesiones presenciales de 3 horas de duración.

Se incluyen sesiones teóricas y fundamentalmente sesiones de procesamiento/análisis de datos que requerirán del uso de ordenador.

Sistema de evaluación
Se valorará la asistencia a las sesiones presenciales, que será obligatoria, así como los cuestionarios de evaluación y/o tareas realizadas durante el curso.

Bibliografía

PROTEOMICS:

Mishra, Nawin (2010) Introduction to proteomics : principles and applications . John Wiley & Sons, 180 p.

Lovric, Josip (2011) Introducing proteomics : from concepts to sample separation, mass spectrometry and data analysis. John Wiley & Sons, 283 p.

Reiner Westermeier, Tom Naven, and Hans-Rudolf Hupker (2008) Proteomics in Practice: A Guide to Successful Experimental Design. Wiley-VCH Verlag-GmbH & Co.

Handbook of Statistical Systems Biology. John Wiley & Sons, Ltd. Jurgen H.Groos. (2011).

Mass spectrometry: A text book. Springer. Mike S.Lee. () Mass spectrometry handbook. Wiley series.

Programación (13-05-2024 a 17-05-2024)
13-05-2024	09:30-12:30	Facultad de Medicina. Aula 2, primera planta	Prof. Mª Carmen Durán Ruiz. Prof. Titular Bioquímica (UCA)	1. Conceptos de espectrometría de masas. Data indepentent vs. data dependent analysis (DDA, DIA)
14-05-2024	09:30-12:30	Facultad de Medicina. Aula 2, primera planta	Prof. Eduardo Chicano, Investigador Instituto Biomedicina Córdoba (IMIBIC)	2. DIANN. Herramienta para el análisis de datos derivados de muestras analizadas por método DIA
15-05-2024	09:30-12:30	Facultad de Medicina. Aula 2, primera planta	Prof. Eduardo Chicano, Investigador Instituto Biomedicina Córdoba (IMIBIC)	3. Metaboanalyst. Herramienta para análisis cuantitativo y estadístico de resultados derivados del DIANN
16-05-2024	09:30-12:30	Facultad de Medicina. Aula 2, primera planta	Prof. Eduardo Chicano, Investigador Instituto Biomedicina Córdoba (IMIBIC)	4. String, EnrichR, Reactome. Análisis y clasificación funcional de las proteínas derivadas del análisis cuantitativo
17-05-2024	09:30-12:30	Facultad de Medicina. Aula 2, primera planta	Prof. Mª Carmen Durán Ruiz. Prof. Titular Bioquímica (UCA)	Puesta en común actividades prácticas