A lo largo del curso se revisarán los métodos de inferencia filogenética, poniendo un énfasis especial en la inferencia a partir de datos moleculares de ADN. Se presentarán los métodos de inferencia más relevantes, centrándose en conceptos clave. Se señalarán las características fundamentales de métodos como la máxima parsimonia (MP), los métodos basados en matrices de distancias, la máxima verosimilitud (ML) y la inferencia bayesiana (BI). Finalmente, se discutirán diferentes medidas de apoyo a la filogenia estimada. Además, se introducirán métodos de análisis más sofisticados como el reloj molecular relajado y se discutirán aplicaciones de la inferencia filogenética en cuestiones de sistemática molecular y código de barras de ADN.

10/04/2018 - TEMA 1 (5h): Modelos evolutivos e Inferencia Filogenética (módulo de nivelación/refresher). El cambio evolutivo en las secuencias de ADN y aminoácidos. Tasas y patrones de evolución molecular. Cálculo de distancias y modelos paramétricos. Selección de modelos evolutivos.

11/04/2018 - TEMA 2 (5h): Evaluación de la señal filogenética. Parsimonia. Máxima verosimilitud. Búsqueda heurística. Optimización de parámetros. Inferencia bayesiana. Métodos bayesianos de reconstrucción filogenética.

12/04/2018 - TEMA 3 (5h): Inferencia Filogenética Avanzada. Reloj molecular relajado. Reconstrucción con datación en nodos y/o hojas terminales. Modelos geográficos.

13/04/2018 - TEMA 4 (5h): Aplicaciones de la inferencia filogenética. Teoría de la coalescencia. Sistemática molecular y limites entre especies. Next-generation sequencing.